Kolon hidroterapisi de bir şekilde kalın bağırsakların boşaltılşıp temizlenmesi işlemidir. Özellikle kolonik inersiya (bağırsak tembelliği) olan hastalarda; kalın bağırsakların tümünde yaygın olarak bulunan dışkının boşaltımı için kullanılır. Dolayısıyla Enema adı geçen ilaçlar kullanılarak gerçekleştirilen lavman uygulamaları ile kalın bağırsakların son 40-50cm si temizlenir. Kolon hidroterapisi ile daha yüksek seviyelerde boşaltım gerçekleştirilir.
  Dışkılama güçlüğü ve buna bağlı makat hastalıkları (hemoroid, anal fissür gibi) olan kişilerde asıl sorun; kalın bağırsağın son kısmına kadar ulaşmış olan dışkının dışarı atılamamasıdır. O yüzden bu gurup hastaları rahatlatmak için kolon hidroterapisi tercih edilmez. Lavman uygulaması yeterlidir.